代谢性脑病治疗主要有两个原则，即积极治疗原发性疾病，以及对症治疗脑病相应症状。代谢性脑病是肝脏或者肾脏，甚至是腺体，甲状腺功能出现异常之后，引起神经系统表现，比如肝性脑病，如果患者有肝硬化导致血氨过度堆积，出现脑病，首先应该治疗原发病，要把肝硬化肝功异常导致血氨升高的代谢废物血氨从脑子里清除。

肾性脑病是肾脏对体内代谢的废物，清除能力比较少，这种情况对脑子影响比较大，可能会出现比较顽固的肾性癫痫。这种情况下，除了对症治疗癫痫之外，需要积极治疗原发病，也就是进行床旁血滤，把血内代谢废物清除。肺性脑病，如果为慢性阻塞性肺病患者，长期二氧化碳潴留以后也会出现代谢性脑病，可以表现为患者嗜睡、意识降低等。此种情况出现后，要适当通过呼吸机辅助呼吸，改善患者通气功能。甲状腺功能异常出现的桥本氏脑病，桥本氏脑病可以用激素治疗，同时积极治疗原发病纠正甲亢或者甲状腺炎，从而改善脑病相应症状。