对于脑炎，不同致病菌、不同原因，诊断不同，预后不同。儿童脑炎最常见的有病毒性脑炎、细菌性脑炎、自身免疫性脑炎，要根据临床表现判断原因。除了发烧、头痛、有脑膜刺激征之外，没有其它的临床症状，还要结合CT和核磁。

病毒性脑炎经过治疗基本上能够完全痊愈，不留后遗症。如果是单纯疱疹病毒性脑炎，除了发烧、头痛，可能会有精神症状包括癫痫，通过治疗可能一部分患者会遗留后遗症，比如遗留认知功能障碍或者癫痫，如果是细菌性脑炎经过抗菌素治疗，一般可以完全恢复，不遗留后遗症。如果是自身免疫性脑炎，恢复需要一定的过程。