小孩手足口病初期的症状不具有特异性，可以出现精神倦怠、乏力、食欲下降或者腹痛等，部分孩子还会出现呼吸道感染或者消化道感染的症状。随着病情发展，还会出现不同程度的发热，可以是低中度热或者高热，一般发热1-2天左右，便开始出现皮疹。皮疹主要发生在手掌、足底，甚至可以在臀部、口腔，通常不伴有明显瘙痒。
一般在1周左右，病情较轻的患儿可以逐渐好转，并恢复正常。病情较重者除上述临床表现外，还可以累及其他系统，比如中枢神经系统，引起中毒性脑病。此时患儿可以伴有头疼，或者伴有前囟隆起，出现嗜睡、昏睡，严重者可以出现抽搐、昏迷等临床表现。部分孩子还会累及心血管系统，导致中毒性心肌炎，甚至出现心衰。
