肛瘘疾病必须要手术治疗，但是手术前要除外手术禁忌症，如果全身情况允许，采用手术治疗。手术前要进行麻醉，目前比较人性化的麻醉是静脉全麻，也可以采用局部麻醉，这两种麻醉都能达到全程无痛的效果，使病人术中没有任何痛苦。手术开始后首先要探查清楚瘘管走形、深度、范围，尤其多个瘘管的患者。探查清楚之后应彻底清除瘘管和感染病灶，以保证手术成功。同时伤口也要保证充分引流，创口宽窄、大小、形状要恰到好处，让坏死组织能尽快引流出来，促使新生组织能很快填充创口，达到根治效果。