含牙囊肿的手术本身危险性不大，因为在口腔颌面外科，含牙囊肿只是一级手术，就是一般住院医师都能完成的手术。手术风险在术前医生都会和每个患者交代，具体的风险分析如下：
1、麻醉风险：有很多患者，比如年龄很小的小孩或高龄的有全身心脑血管疾病的患者，手术风险主要是麻醉风险，包括心脑血管意外；
2、感染或神经损伤风险：局部术后可能会有感染或碰到颌骨内的神经，比如下牙槽神经等，造成神经损伤风险；
3、损伤邻牙的风险：造成邻牙的牙髓坏死、牙齿松动等；
4、复发风险：含牙囊肿虽然归于良性肿瘤类手术，但是囊壁不能完全切除，就会有复发的风险。
含牙囊肿手术作为口腔颌面外科的手术，风险度总体不高。
