甲状腺微波消融手术的总体危险性不大，如果医生在术中操作不当，或消毒不彻底、手法不当，探头跟针不匹配，或穿刺针误穿到气管或皮肤其它部位，会造成气管损伤、皮肤烫伤、神经损伤等。如果是有经验的医生进行操作，手术风险则相对较小。

微波消融需要手术医生具有丰富经验，并且在治疗过程中有一定的技巧要求。操作者不仅需要熟悉外科手段，还必须熟知病理细胞学和超声介入方面的专业知识，是多学科、跨学科的治疗方案。该手术需要大量数据积累，经过反复穿刺、演练、操作，达到非常有经验的水平，做消融手术才比较安全。