口腔溃疡一般情况下不能选用阿莫西林胶囊。因为口腔溃疡最常见的是复发性口腔溃疡，为周期性反复发作，该溃疡不是细菌感染所引起，所以一般不要选用抗生素治疗。
阿莫西林是青霉素类的广谱的抗生素，主要是抗菌的作用。但是口腔溃疡上并没有菌，不是感染导致，所以一般的口腔溃疡应该选用消炎、止疼、促进溃疡愈合的药物。比方重组人表皮生长因子凝胶、曲安奈德口腔软膏，主要就是保护溃疡面，促进溃疡愈合。而对于抗生素，实际上不应该随便选用，应该在医生指导下用药。
如果患者确定了口腔溃疡有细菌感染，比如溃疡形成了假膜，此种情况较少见，就是细菌感染引起的膜性口炎。如果确定了这些感染，患者也要根据感染细菌的敏感性，来选用抗生素治疗，一定不能自己上药店买抗生素，一长溃疡就服用，这样会带来较多的坏处，特别是能够引起肠道菌群的紊乱，对全身会造成较坏的影响，包括对口腔也会形成菌群失调，使得口腔原本定植的念珠菌猖狂，形成口腔的念珠菌感染。
所以对于口腔溃疡，一般情况下最常见的复发性口腔溃疡，不要选用抗生素治疗。因为没有感染，即使有了细菌感染，形成了膜性口炎的这类疾病，也需要在医生的指导下用药治疗。
