尿道下裂发生是诸多因素共同作用的结果，胚胎性别分化发育过程中出现内分泌缺陷和混乱及其它多种原因，导致尿道沟融合不全，而停留于不同的发育阶段，因此发生不同类型尿道下裂。但到目前为止，具体发病机制仍不明确，目前已证实的原因包括雄激素受体异常、遗传、基因突变、内分泌失调、异常细胞间信息传递、表皮生长因子表达降低和环境因素等。

近20余年，尿道下裂发病率显著上升，可能与环境中广泛存在的雌激素和抗雄激素类物质污染有关。尿道下裂存在一定遗传性，临床发现约有20%-25%的尿道下裂患儿，具有家族遗传类似疾病史。另外，孕期服用避孕药物、早产、低体重出生患儿，也属于高风险因素。因此对于孕期保胎、孕期服用药物等，需引起谨慎，尽量咨询专科医生。