脑损伤综合征原因较多，具体如下：

1、早期原因：包括怀孕期间接触有毒、有害物质，现在最常见如工厂做工接触油漆、涂料和其它染料，怀孕期间工作区域存在辐射性物质以及接触重大感染，如风疹病毒感染、弓形虫感染导致胚胎发育不良。环境污染严重导致孕妇反复先兆流产、出血、保胎；

2、围生期原因：主要存在重度窒息、难产，产程过长，羊水污染、胎盘脐带异常等；

3、后期原因：儿童生长发育过程中存在重症胆红素脑病以及外伤、溺水、车祸等，都会导致脑损伤综合征。