普通肠镜检查痛苦程度取决于内镜医生的技巧、患者肠道的复杂程度及肠道准备情况等。结肠镜检查时，由于充气和肠道牵拉，患者会出现腹痛、腹胀。
在切除结肠过程中，需要充气到一定量以保证视野清晰，切除后再将气体抽出，大部分患者无腹痛。若在操作过程中气体进入结肠近端甚至达到小肠，且操作结束未能将气体充分抽出，患者可出现腹痛。此类腹痛多数在术后6小时左右可缓解，若未缓解，还需警惕切除过深引起的炎症反应或穿孔。
肠镜进入至回盲部需要80-100cm，在此过程中还需不断充气、吸气，部分患者腹部进行过手术，导致肠道有粘连、肠道冗长或肠道准备不佳，会影响肠镜效果且增加肠镜的难度，因此检查后会有腹部胀痛情况。
