大部分骨髓炎能够彻底治好，尤其骨髓炎早期、没有发生慢性骨髓炎之前，一般治疗效果比较好。通过综合治疗，包括抗生素治疗、手术治疗、术后连续护理，通常能够恢复正常，术后反复也较少出现。

若早期没有发现或处理不当，疾病迁延，骨髓炎则会扩散并引起多处骨感染，此时治疗比较棘手。如对于单纯胫骨骨髓炎错误使用激素，导致细菌广泛扩散，肺部、胸腔、髂骨等多处形成脓肿，此时治疗比较棘手，治疗费用也更高昂。