第一次手术后3-6个月是颅骨修补最佳的手术时间。对于颅骨缺损修补时间的影响因素，主要取决于患者原发病的恢复程度，即原发病若为重症颅脑外伤或重症脑出血，则恢复较为缓慢。就修补而言，最佳的修补时间是在第一次手术后，即原发病手术后的6个月。

对于部分患者而言，例如对于脑出血本身进行过微创手术，手术较小且各方面恢复较好以及硬膜外血肿受伤时较重，后来恢复的情况也较为理想，3个月后骨创基本无张力，并且较为平坦。若患者为此种类型，则手术后3个月也可以进行颅骨缺损修补。