甲硝唑和阿莫西林属于抗菌药物，从药物代谢的角度而言，甲硝唑和阿莫西林可以同时服用，没有代谢方面冲突，两种药物可能存在以下区别：

1、临床效果：甲硝唑主要对厌氧菌有比较好的抗菌作用，对滴虫、阿米巴虫也具有一定杀灭功效，阿莫西林主要对于细菌感染具有明显抗菌作用。如果患者是感染性疾病，有需氧细菌感染，伴厌氧菌感染时，可能需要同时使用上述两种药品。在根除幽门螺杆菌时，可能也会同时使用这两种药物；

2、不良反应：如果临床确实需要同时使用，要注意甲硝唑和阿莫西林的不良反应，两种药物可能会导致胃肠道症状。特别是甲硝唑，建议饭后服用，可以缓解胃肠道反应。

甲硝唑和阿莫西林具有抗菌作用，临床上如果确实需要同时使用两种药物，要注意监护相应的不良反应。