核酸检测可以检查出梅毒，通常将梅毒螺旋体的核糖体RNA作为模板进行检测，采用反转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)的方式进行检测，相对较复杂，较多医院并没有开展此项检测的研究。医院常用的检测方式为梅毒血清学检测，通过血清标本检测患者是否存在梅毒特异性血清性抗体，或进行梅毒非特异性血清学抗原试验，前者包括TPPA和TPHA，而后者包括RPR和TRUST。

由于上述两种检测临床上简单易行，且灵敏度、准确性较高，因此成为临床中梅毒的主要检测方式。如果需采用核酸检测的方式进一步验证，需到有资质的医院开展相关检测，但通常单纯做梅毒血清学检测能达到诊断和临床观察疗效的效果。