吗啉硝唑氯化钠主要具有抗菌作用，其主要有效成分为吗啉硝唑，属于第三代硝基咪唑类抗菌药物。吗啉硝唑氯化钠的抗菌机制，主要与分子中所含有的硝基具有一定相关性。硝基能够在无氧环境下还原为氨基，或其它具有细胞毒作用的基团，从而影响病原菌代谢过程。

吗啉硝唑与其它硝基咪唑类抗菌药物，抗菌作用类似，主要是针对厌氧菌进行治疗，具有强大抗菌活性。临床上吗啉硝唑氯化钠主要可以用于治疗厌氧菌相关的疾病，如女性妇科感染，可起到抗菌作用。由于阑尾炎的发生通常也与厌氧菌相关，因此吗啉硝唑氯化钠还可用于阑尾炎患者。