鹅口疮的病因，其病原体或者致病微生物是真菌，或者确切地说鹅口疮最常见的是白念珠菌。白念珠菌引起白色凝乳状的斑片，在口腔内长叫鹅口疮。
白念珠菌实际上是人类共栖的菌，正常人嘴里也会有真菌，会有白念珠菌，但是不致病。鹅口疮是发生在生命两头的疾病，新生儿最常见，因为免疫力低下，比如从产道出生，如果母亲的外生殖器里有真菌、有白念珠菌，会造成孩子口腔的念珠菌的感染。
抗生素的使用，由于用抗生素造成菌群的失调，念珠菌就会活跃，抑制其的菌被杀灭之后会引起致病。虽然不是生命两头，年轻力壮但是了艾滋病，使得免疫功能低下，也会造成念珠菌的感染，因为菌群也失调了，念珠菌也在，免疫力低的情况下引起致病。
白念珠菌在正常人嘴里是有的，只有在免疫功能低下，比如抗生素和激素的使用造成菌群失调、老年人和婴幼儿机体的免疫功能低下或者艾滋病的患者机体免疫功能低下的情况下，原来共栖、本来不致病的菌致病，形成鹅口疮，术语叫急性假膜型念珠菌病。
