龟头疼痛流脓有可能是以下的两种情况，第一是发生了包皮龟头的急性炎症，第二是出现急性尿道炎合并包皮龟头的感染：

1、包皮龟头急性炎症：一般会出现包皮龟头的红、肿、疼、痛，特别是细菌感染的时候疼痛会比较明显，并且出现脓性分泌物，一般是黄色分泌物较多。这时候一般采用抗菌药物治疗，外涂、清洗加口服，可以迅速缓解和改善症状；

2、急性尿道炎合并包皮龟头感染：有一部分人可能是继发于急性尿道炎，比如急性淋球菌性尿道炎，也就是常说的淋病。在出现尿道红、肿、痛、痒，分泌物增多的同时，常伴随着包皮龟头的继发感染，这时如果单独治疗包皮龟头炎而忽略了尿道炎，治疗效果就会明显打折扣，所以一定要配合尿道炎同期进行治疗而不能光用外用药物。尿道炎的治疗一般是口服抗菌药物为主，严重的也可以使用静脉的药物，注意治疗期间不要喝酒、不要同房，尽量少吃辛辣刺激的食物。