多数情况下，肾囊肿的二次手术，并不是十分严重。因为肾囊肿通常是良性疾病，进行二次手术可能提示肾囊肿复发。

对于肾囊肿，通常在腹腔镜下行肾囊肿去顶术，只需将囊肿外露的囊壁去除即可。在多数情况下，操作并不会特别复杂、困难。但是第二次手术会比第一次手术棘手，因为局部可能存在粘连，做过手术的层次可能并不清楚。但总体而言手术较为简单，也不存在需要切除干净的要求。因为对于良性疾病，手术切除的意义较小，并且良性病变一般不会危及患者的生命。