先天性胆道闭锁病因尚未明确，目前来讲比较认可的学说有两大类，具体如下：

1、围生期学说，所谓围生期学说主要是指病毒感染，就是妈妈在怀宝宝的时候可能会受到某种病毒感染，引起胚胎发育异常，比较有代表性的病毒是巨细胞病毒、EB病毒、轮状病毒，主要是消化道跟呼吸道方面的病毒感染。这些病毒感染有可能会影响在胚胎发育过程中的组织细胞，或者基因改变然，引起发病；

2、胚胎学说，主要指在胚胎发育过程中受到某种程度损伤，引起胆道闭锁。