胃神经纤维瘤内镜下手术治疗后并发症较少见，微创手术的患者可出现较少并发症，而开放手术的患者并发症相对较多，临床常见术后并发症为吻合口炎症、出血等，可伴有恶心、呕吐、消化不良等临床症状。患者口服对症药物后，症状可缓解。

若肿瘤边缘未切干净，需进行二次手术，需要局部切除。若术后病理发现肿瘤发生恶变，二次手术则需进行整体切除。