牙根发黑的处理方法如下：

1、色素沉着：如同手或脸上有污物黏附。由于牙齿没有溃烂，患者只要经常刷牙并使用牙线，保持口腔干净即可；

2、牙根溃烂：需要进行处理，否则溃烂会越来越严重。

在正常情况下，牙根呈圆形或扁圆形，当色素沉着在牙根上时，牙根本身没有缺损；但牙根溃烂时牙根会出现缺损。可以用牙签或其他物体戳牙根，发现牙根缺损时说明牙根溃烂，此时需要进行处理；如果牙根较硬、较为结实，则说明为色素沉着。但上述判断并不准确，建议患者发现牙根发黑时让医生进行诊断，以免耽误病情。