治疗植物神经紊乱药物主要为抗焦虑、抗抑郁药物，可以辅助部分中医中药进行治疗。对于抗焦虑、抗抑郁药物，临床上常用如盐酸舍曲林、西酞普兰、艾司西酞普兰，以及文拉法辛、度洛西汀、米氮平、奥氮平等。

应用抗焦虑、抗抑郁药物时，为更好地起到治疗效果，常会加用增效剂，如喹硫平、黛力新等药物，以尽快起到治疗效果，同时也能减轻此类药物刚开始服用时的副作用，减少患者不适感。除此类药物以外，临床上还存在中医中药，如安神补脑液、乌灵胶囊等，也具有一定治疗作用。