发生牙周脓肿的原因，在临床上发现有这么几点：
第一，就是牙周袋深部的炎症，向深部的扩散，形成化脓性炎症，这时候形成牙周脓肿；
第二，牙周治疗的时候没有彻底清除，也就是致病菌在深牙周袋底部有残留，在机体免疫力低下的时候，可能还发生牙周脓肿；
第三，有一些糖尿病患者，以及全身性系统性疾病患者，他们的免疫力很低，感染的几率较大，所以这样的患者发生牙周脓肿的几率非常高；
第四，有一些没有经过规范化培训的医生，也许在操作的时候，在操作过程中误将牙石探到了袋底的位置，这样可能会引发牙周脓肿；
另外，还有解剖结构的特点，我们都知道牙有两个根也好，三个根也好，两个根三个根之间分叉的位置叫根分叉，这是很隐蔽的位置，一旦细菌在这个位置定植，这个位置就非常容易发生牙周脓肿。临床医生操作起来清洁起来也非常的困难，这是解剖因素决定的；
另外就是有一些毒性非常强的致病菌定植在牙周袋深部，也会在局部产生牙周脓肿。