儿童急性呼吸道感染的病原体很多，如病毒、细菌、非典型菌、支原体、衣原体。大多数儿童呼吸道感染主要是由病毒感染引起。病毒感染占呼吸道感染的70%-90%，感染比例不一样。儿童常见的呼吸道病毒是呼吸道合胞病毒、腺病毒、冠状病毒、鼻病毒、季节性流感病毒、副流感病毒等，肠道病毒也会引起呼吸道感染。

细菌最常见的是链球菌、肺内球菌、溶血性链球菌、卡他莫拉菌、金黄色葡萄球菌，这些细菌是儿童呼吸道感染的常见病原体。不同年龄的病原体不一样，小婴儿往往革兰阴性菌比较多，大的儿童阳性菌比较多。很多病毒都有季节性，冬季流感病毒比较多，小婴儿秋冬季节感染合胞病毒较多，学龄儿童感染支原体比较多见。