全麻的副作用分为多种，最常见的全麻后副作用有循环抑制、有呼吸抑制。但是这些副作用往往都在麻醉苏醒室内观察时，等所有的循环抑制和呼吸抑制消除后才能安全出室。患者一般担心的是全麻药的其它副作用，比如全麻会不会使人变傻，所谓变傻医学术语是指认知功能障碍。
所谓认知功能是大脑皮层的高级功能，比如学习、记忆、理解、判断，多数人认为全麻以后，计算能力差，或者打麻将时没有以前记得准。据美国一家权威机构现在的资料研究发现，对小孩子单次全麻没有相关的智力损害，对于老年人，认知功能障碍出现的几率高。但是大部分在一周或者一个月内恢复，只有1%的病人遗留永久的认知功能障碍。
