肝吸虫感染一旦确诊为肝吸虫病之后，治疗主要采用的是药物治疗的办法，目前抗寄生虫药物吡喹酮，对肝吸虫的杀虫治疗效果非常有效。早期诊断和治疗使用吡喹酮药物，可以达到治愈的效果。
但是如果感染的肝吸虫，尤其是肝吸虫成虫，造成了胰胆管的阻塞，就要选择外科手术。或者在胰胆管造影过程中，使用腔镜取出成虫，可以避免在药物杀虫过程中虫体碎解造成阻塞，以免造成临床症状的进一步加重。
肝吸虫病一定要在早期进行治疗，因为肝吸虫寄生在肝胆管系统，是肝胆管癌的主要诱发因素。所以肝吸虫病要及早进行治疗，以药物治疗为准，必要时采用手术或者腔镜取虫，辅以后期的药物治疗。
同时在肝吸虫病的治疗过程中，还要关注是否合并细菌感染。一旦合并细菌感染，在杀菌治疗稳定的情况下，再开展肝吸虫的杀虫治疗，不要盲目治疗，治疗过程不要太冒进。
