怀孕期间发现甲亢，原则上可以继续妊娠。相对于正常的孕妇，甲亢的孕妇容易出现流产、早产、胎儿发育迟滞等。因为孕妇服用抗甲状腺的药物可能会导致胎儿甲减，因此需要更严密地监测甲状腺功能，在内分泌医生的全程指导之下，规律服用抗甲状腺的药物，而确保母子平安。

如果在妊娠早期，可以选择丙硫氧嘧啶类药物，因为此类药物引起的胎儿致畸概率比甲巯咪唑要轻。所以在孕早期，即怀孕前3个月，可以选用丙硫氧嘧啶，但选择剂量较小，即争取用最小的量控制甲状腺的功能，使T3、T4维持在正常水平。而在妊娠中期或者妊娠末期，会选择甲巯咪唑。因为甲巯咪唑可以单次口服，对母子的影响比较小。

所以，怀孕期间查出甲亢，原则上可以保留胎儿，但是需要内分泌医生的全程指导，并且需要严密监测。