CT是利用X线对某部位断层扫描，类似把面包分层切开，观察内部细纤维组织。核磁共振是利用人造大磁场，观察人体内所有水分子在磁场的变化情况，通过计算机后处理技术呈现图像。核磁共振因为是较大磁场，患者检查前需要做好准备，例如手机、磁卡、钥匙无法带入。并且存在绝对禁忌症，例如心脏起搏器患者和心脏支架患者。

而核磁共振存在优势，因为软组织分辨率较高，适合进行神经系统以及椎体病变，以及腹部检查。一般建议通过CT检查胸部和骨骼，例如患者存在咳嗽、气喘等症状，需要进行胸部CT检查，可能会查出肺炎或肿瘤性病变，骨骼系统一般会有骨梗死、骨肿瘤病变。一般推荐通过核磁检查神经系统病变以及软组织占位性病变，神经系统病变则包括脑梗塞、脑出血、脑动脉硬化，脊髓炎、脊髓肿瘤性病变。软组织以及软组织肿瘤性病变的具体检查方式的选择，应由临床医生根据患者情况和体征决定。