睾丸发炎、肿大采用药物治疗，首选抗菌治疗，因为细菌性睾丸炎较常见。多数患者可以口服第三代喹诺酮类药物，比如左氧氟沙星、西他沙星、莫西沙星等。也可以使用二代以上头孢菌素类药物，比如头孢克洛、头孢地尼，头孢克肟等。如果对上述药物过敏或者青少年不适合使用喹诺酮类药物，可以选择大环内酯类药物或四环素类药物，比如阿奇霉素、罗红霉素、米诺环素、多西环素等。

如果睾丸炎肿大且明显，也可以采用静脉药物治疗。通常静脉药物可以选用三代以上喹诺酮类药物、大环内酯类药物或头孢菌素类药物。部分患者也可以选择氨基糖苷类药物，例如依替米星等。多数患者应用上述抗生素治疗后，睾丸的肿大、疼痛会得到较快缓解。若效果不佳，也可以配合使用止痛药物，例如非甾体类消炎镇痛药，如布洛芬。也可以使用精索长效封闭进行局麻镇痛。

严重的睾丸炎有可能需要切开引流，仅用抗生素效果控制不佳，配合切开引流才能得到快速有效控制，引流脓肿促进恢复和愈合。通常病毒性睾丸炎出现炎症、肿大，不随抗生素治疗而好转。但病毒性疾病有一定自限性，所以随病毒得到改善，机体抵抗力升高或配合使用抗病毒药物，睾丸炎也会逐渐好转。