莫匹罗星软膏不良反应主要包括常见不良反应和严重不良反应，具体如下：
1、常见不良反应：通常是指发生率>1%，即100个人中使用以后，有大于1个人可能出现的不良反应。莫匹罗星软膏常见不良反应的临床症状有头痛、皮疹、恶心，通常不需要停药，有些不良反应发生率<1%，即100个人使用过程中，有小于1个人可能出现不良反应，这些不良反应的临床症状有腹痛、应用部位的灼烧感、蜂窝组织炎、瘙痒、局发性的伤口感染和溃疡性口炎、头晕等；
2、严重不良反应：有严重过敏反应、眼部刺激、局部刺激、致死性的艰难梭菌相关性腹泻、不敏感微生物过度生长，通常较为罕见。
综上所述，如果使用莫匹罗星软膏以后出现过敏或局部严重刺激，应立即停止使用。另外，莫匹罗星软膏不适用于口、鼻、眼等黏膜表面的涂抹，使用时应避免接触眼睛，如果不慎有接触，应立刻用清水冲洗干净。
