益生菌主要包括乳酸杆菌、双歧杆菌，还有肠球菌，可以作为一种有益菌。如果肠道出现菌群失调的时候，补充肠道有益菌，可以重建肠道平衡，对于胃肠道疾病可起到辅助治疗。虽然有益菌可以在治疗肠道菌群平衡中起到重要作用，但只适合短期应用。单纯、长期补充单一细菌后，可造成菌群新的失衡。

益生菌是肠道菌群微生态的一部分，每个人肠道菌群是在出生时宫内吞羊水，以及后天母乳喂养所形成，所以每个人体内菌群的数量和种类各不相同。如果肠道菌群失衡，会引起肠道疾病，引起临床腹痛、腹泻症状。