青光眼的患者，手术前不能散瞳，而在手术后，可以根据情况使用阿托品。青光眼绝大部分类型为原发闭角型青光眼，也就是浅前房、窄房角，虹膜跟角膜组织之间较窄。虹膜中央的缺损为瞳孔，如果使用阿托品，会造成瞳孔散大，虹膜组织向周围堆积，虹膜和角膜之间的夹角、间隙就会更小。房水引流的最关键部位为前房角，70%以上的房水，都要通过前房角流出到球外，进入静脉系统。如果散瞳后虹膜组织堆积，房角变小，房水不容易进入前房角，会流出球外，诱发青光眼的发作。即使开角型青光眼、先天性青光眼，亦不建议使用阿托品。
青光眼手术后需要散瞳，在炎症反应较重时，甚至前房浅，仍然可能使用阿托品散瞳。因为青光眼手术后，眼内结构发生改变，房水通过后房、瞳孔、虹膜周边部的根切口进入前房，通过眼球表面的滤过道流出眼球，不再通过前房角引流，此时散瞳可以使睫状肌松弛、悬韧带变短、晶体变扁平，加深后房，亦同时加深前房，有利于眼内结构的恢复。
