慢性扁桃体患者较容易患扁桃体结石，在慢性炎症刺激下，扁桃体会产生的分泌物会在局部聚积，扁桃体本身是蜂窝状的结构，即存在多个小孔，每个小孔都可能有炎性分泌物聚积，聚积后会形成结石。结石较小时可能在扁桃体隐窝藏着，结石较大时可能通过吞咽或其它动作使结石掉下来。若结石不能顺利掉下，在隐窝内堵塞可能引起炎症加重，炎症分泌物不能及时排出来，可能容易使慢性扁桃体炎经常发作，变成急性扁桃体炎。

慢性扁桃体患者容易出现口臭，是由于结石经常在口腔里停留，时间过久会产生异味。扁桃体结石的患者建议进行手术，把扁桃体摘除，扁桃体摘除后，可避免慢性扁桃体炎出现，也避免急性扁桃体经常发作，甚至可避免慢性扁桃体炎引起的心肌炎、肾炎等。