单纯的阴道镜检查，一般不会有疼痛感。通过阴道镜，可以将宫颈、阴道病变的区域放大，再通过醋酸染色和碘染色这两种方法，使宫颈存在病变的异常血管部位，显现更加清楚，方便医生来仔细观察，是否存在宫颈或阴道病变。
阴道镜检查本身并不疼痛，可能在醋酸染色时，部分患者可能感觉到轻微刺激，但这种刺激一般是一过性、可以忍受的，而且刺激比较轻微。因此大多数女性，做单纯的阴道镜检查过程中，其实并没有痛感。
但在阴道镜下取活检时，可能产生疼痛感，如果医生在进行检查时，感觉宫颈、阴道或外阴区域染色异常，有明显的可疑病变，此时可能取活检。活检需要取下宫颈或者阴道壁上一部分组织，进行组织学检查，钳夹取样过程中可能会产生不适，但大多数女性可以耐受。更多的可能是心理上的恐惧，由于没有做过相关检查，存在未知的恐惧。
