真菌角膜炎的诊断必须借助于实验室的检查方法，最简单的方法是可以通过角膜刮片，之后用10%的氢氧化钾在普通光镜下能看到菌丝，就能够确诊真菌角膜溃疡，这是一种有创的检查方法。

此外，还有无创的检查方法，即角膜共焦显微镜，这种共焦显微镜类似于活体病理检查设备，在滴上表麻药以后，可以通过活体的角膜共聚焦显微镜查到角膜里面的菌丝。如果看到有菌丝分布，即可确诊为真菌角膜溃疡。