目前研究未发现核磁共振检查会对人体产生伤害，但该检查有以下禁忌证：

1、绝对禁忌证：身体内有固定的金属异物，如体内装有心脏起搏器、动脉瘤夹、人工心脏瓣膜以及其他固定金属装置，不可进行核磁共振检查。体内有可活动的金属异物，如避孕环、金属假牙等，在做磁共振之前也一定要做取出，因为金属东西一旦进入磁共振机房，很可能会被磁铁强力吸走，导致机房内人和设备的损伤；

2、相对禁忌证：如果患者身体内有其它不可去除的金属异物，如人工关节、假牙、支架等，但由于疾病必须要做磁共振检查，则需要严密观察上述金属在强大磁场中移动是否会损伤邻近大血管和重要组织，如果会对造成严重后果，也属于禁忌证。

在磁共振运行过程中会产生大量噪音，可能会对听力有一定影响，故在检查中会给患者戴上耳塞。另外，在磁共振检查中还会产生一定热量，故发热患者或年龄较小的患者有时会出汗。对于有身孕或者有幽闭恐惧症的患者，不建议进行磁共振检查。