甲状腺癌是以外科治疗为主，可到外科就诊，此病是内分泌系统到常见肿瘤。甲状腺位于头颈部，所以在肿瘤医院系统甲状腺归属于头颈外科。另外，甲状腺癌不只局限在甲状腺，可能会涉及到咽喉、气管、颈部大血管、神经等，头颈部常见部位。所以在肿瘤医院系统，头颈外科是甲状腺最常见但诊治部门。部分综合医院，因为很多没有设头颈外科，可能会有普外科。普通外科包含甲状腺、胃肠、肝胆、血管外科、肛肠等。

现在部分医院专门把甲状腺分出来。部分医院把甲状腺和乳腺放在一起，即甲乳外科。甲状腺与胰腺放在一起，属于内分泌外科。部分甲状腺癌，特别是涉及到甲状腺功能的情况下，或者甲状腺癌手术以后做过碘-131治疗的情况下，可到内分泌科，或者核医学科就诊，此种相对比较少。