卵巢囊肿术后可能会复发，部分卵巢囊肿复发的可能性较大，比如子宫内膜移位囊肿，即巧克力囊肿，和卵巢黏液性囊肿，上述两类囊肿很容易复发。巧克力囊肿术后，会采取预防复发措施，黏液性囊肿术后没有特殊的预防措施。

部分囊肿相对容易复发，比如浆液性囊肿或者畸胎瘤等，手术之后可能会再长，非原部位的复发，有再长的可能性。其它囊肿，比如输卵管部位的细膜囊肿，即卵巢冠囊中，术后有可能会复发。卵巢保存下来，有可能再长囊肿，但只有在原部位同一类型的囊肿再长出来，才能够称作复发。