如果鳃裂囊肿较大，影响患者的美观以及功能，则需要进行手术治疗。鳃裂囊肿分为第一鳃裂与第二鳃裂，大多数患者会长在颈部，比较影响美观，部分患者囊肿较大，可能会压迫颈部的血管，同时可能影响患者的功能。
部分患者鳃裂囊肿并发感染后，导致颈部红、肿、热、痛等，建议患者尽早到正规医院的口腔科或者口腔医院的口腔颌面外科，找专业的口腔颌面外科医生进行检查。根据鳃裂囊肿的大小、范围，以及与周围重要血管、神经的关系，进行评估，并进行手术前的准备，从而以最小的手术创伤将鳃裂囊肿完整摘除，则可以将此问题得以较好的解决。
