在理论上可能会存在做胃镜交叉感染，因为目前的胃肠镜检查虽然达到了消毒的水平，但可能并没有完整意义上的灭菌水平。在检查之前，对患者的乙肝、丙肝、梅毒、艾滋的相关病原微生物感染的指标进行检测和消毒的区别对待。现在的胃肠镜消毒非常严格，而且有非常规范的质控标准，所以从这个观点上讲，不会发生交叉感染，但临床上毕竟存在可能未知的病毒或者细菌。在达到灭菌要求的操作时，会进行胃肠镜灭菌的操作，因此实际上不会发生交叉感染。