婴儿手足口病的初期症状较轻微，并且症状可以并不特异。此时孩子可以表现出食欲下降、厌食，并且孩子可以出现不同程度的发热。孩子在进食母乳或奶粉时会伴有哭闹，同时孩子在进食后会出现口腔疼痛并伴有明显的流口水增多。随着疾病的进展，孩子的口腔中，尤其在上腭以及咽后壁的位置能够观察到出血点，而后出血点逐渐融合、破溃形成疱疹或溃疡。孩子的手掌、足底、臀部以及大腿部位也会逐渐开始出现不同程度的散在疱疹。

轻症的手足口病具有自限性，随着疾病进展5-7天后，疱疹会破溃、融合、结痂而逐渐愈合并进入恢复期。少数的手足口病是由于EV71病毒感染所引起的重症手足口病，此时可能会合并有其他系统的改变。部分孩子可能会合并中毒性脑病，甚至出现充血性心衰，严重的情况下甚至可能会危及患者生命。