肛周脓肿一般不会自愈，它与肛旁的疖肿有很大区别。肛周脓肿发作的源头是在直肠下段肛腺的位置，在肛门内感染后沿肌间隙和各个组织间隙蔓延到外边。所以肛周脓肿有原发的内口，如果内口不处理，是不能自愈的。而肛周的疖肿是局部的疾病，破溃流脓且肿痛消退后，通常能达到自愈。
肛周脓肿建议早期治疗，如果想达到根治的目的，则必须要做手术。建议有条件的患者做一次性的切开根治术，可减少患者的病程及痛苦。