补牙本身不疼，对于中等深度的牙洞，牙洞离牙神经有一段距离，大概2mm以上，此时将坏死组织取净，直接补起来即可，用时较短，常为20-30分钟。如果牙洞较深，接近牙神经，即接近牙髓腔，去除坏死牙体组织时需慎重。在浅部可用高速牙钻将坏死牙体组织清理干净，接近深部时，用低速牙钻慢慢磨，避免不慎将牙神经磨穿。
使用低速牙钻磨时，如果感觉距离牙神经较近，使人感到不适，需更换手工工具，进行最深部的蛀牙牙体组织清理，清理干净后进行补牙，但是清理需要的时间较长，通常为30分钟以上。清理较深的牙洞时，病人可有疼痛的表现，可以注射麻药后再进行深部操作。所以补牙时，浅或中等深度的蛀牙通常不会有疼痛感，深的蛀牙有疼痛时，可以通过注射麻药解决疼痛。
