口腔溃疡大部分是复发性口腔溃疡，还有创伤性溃疡。这类溃疡不是细菌感染，或者厌氧菌感染所引起，所以吃甲硝唑片没有用。一般不会在口腔溃疡的情况下选用抗生素，特别是甲硝唑这种抗厌氧菌的抗生素。口腔溃疡主要的治疗，是消炎、止疼，促进溃疡愈合，选用糖皮质激素类的药物，比如曲安奈德口腔膏，或者生长因子类药物，促进溃疡愈合。如果不想选用西药，也可以选用中药，比如用康复新液漱口，西瓜霜喷剂。
口腔溃疡没有明确的厌氧菌感染，所以不应该选用甲硝唑治疗，甲硝唑的主要作用是抗厌氧菌感染。口腔溃疡的表面存在口腔内的细菌，但没有形成感染，也没有厌氧菌生长的环境和条件，所以较少选用甲硝唑治疗口腔溃疡。
