腘窝囊肿手术风险较小，患者无需过度担心。腘窝囊肿手术需要进入腘窝结构，腘窝内存在重要的血管、神经，所以腘窝手术存在一定风险。

但进行腘窝囊肿切除手术时，如果手术医生能够小心翼翼地避开重要的血管、神经，腘窝囊肿的手术风险较低。腘窝囊肿位置相对较浅，位于皮下，术中沿囊肿壁周围进行剥离则可以将腘窝囊肿完整予以切除，同时不损伤血管、神经。