乳酸菌阴道胶囊可以用于霉菌性阴道炎的治疗，但仅为治疗霉菌性阴道炎的辅助性用药，从药理学而言，通常医生不会单纯应用乳酸菌阴道胶囊治疗霉菌性阴道炎，或者作为霉菌性阴道炎治疗中的首选用药。霉菌性阴道炎治疗的首选用药之所以不会是乳酸菌阴道胶囊，是因为有其它药物选择可以治疗霉菌性阴道炎，治疗真菌感染。霉菌性阴道炎实际上是外阴阴道假丝酵母菌病感染导致，之前又称为念珠菌性阴道炎，属于一种真菌感染，因此女性在有真菌感染导致的阴道炎时，可以通过抗击真菌治疗更加直接、显效更快。

患者通常可以选择的药物包括制霉菌素栓、克霉唑阴道片、达克宁栓等，多数通过阴道给药，阴道放药困难的女性也可以给予全身口服用药，如氟康唑等药物，通常能够杀灭真菌，获得比较满意的疗效。霉菌性阴道炎的发生，多是因为阴道内的菌群失衡，而阴道内占有优势的菌种应该是乳酸杆菌，可辅助加用乳酸菌，恢复阴道内的微生态平衡，减轻真菌感染发病的严重程度，并预防后续的再次发作。乳酸菌阴道胶囊常作为辅助用药治疗霉菌性阴道炎，并不是主要用药，单一应用乳酸菌阴道胶囊可能效果欠佳。