奥美拉唑并非保护胃黏膜的药物，而是起到抑制酸分泌的作用，所以不能起到保护胃黏膜的作用。它主要是通过作用于胃内壁细胞的H-K-ATP酶，尤其存在活性的氢H-K-ATP酶，从而起到抑制胃酸分泌的作用。抑制胃酸分泌可抑制攻击因子，而胃黏膜保护剂的作用是增强防御因子，二者联合使用效果更好。

奥美拉唑主要用于治疗酸分泌过多相关疾病，即过多酸分泌导致的消化性溃疡、胃溃疡、十二指肠溃疡等。胃食管反流病是由于过多的酸分泌，从胃腔向食管反流，而造成食管黏膜损伤，也可以使用奥美拉唑进行治疗。所以奥美拉唑主要用于治疗酸过多相关问题，可起到抑制酸分泌，降低胃内攻击因子的作用。