射精后有点疼，主要有两种原因：
1、病理性原因：整个生殖系统可能局部有炎症，泌尿系、生殖系经常在一块，泌尿系跟外面相通，有感染的风险，泌尿系感染经常会影响生殖系统。生殖器有感染，比如泌尿系统结核时，生殖系统的结核会引起附睾结核，有精囊炎、前列腺炎时，也会影响射精的过程。当局部有炎症时，在射精时前列腺、精囊腺都比较兴奋，有时处于收缩的状态。炎症时，局部感觉不会那么舒服，红、肿、痛可能是特点，包括疼痛；
2、生理性原因：跟局部肿胀以后会有疼痛是一样的道理，这种疼痛很轻微，正常情况下，性兴奋射精时前列腺局部充血。在充血肿胀的过程中，射精的时候，局部会阴肿胀压迫，也会有极高的疼痛。这种情况不是病理状况，而是生理状况，不算是疾病，不需要特别处理。
