孩子发烧头疼原因包括上呼吸道感染、中枢神经系统感染以及颅内压增高等，具体如下：

1、上呼吸道感染：如果孩子在发烧的同时伴有鼻塞、打喷嚏、流鼻涕的情况，这时上呼吸道感染可以引发孩子出现鼻炎或者是鼻窦炎。如果孩子出现鼻窦炎时，鼻窦的位置就在孩子的前额附近，所以孩子可以在发烧的同时伴有头疼的症状。这种情况下需要继续给予抗炎、抗病毒治疗后，孩子炎症消退，发烧、头疼的症状会逐渐好转；

2、中枢神经系统感染：如果孩子出现细菌性、病毒性或者是结核性脑膜炎，这种情况下，孩子除了发烧头疼以外，还会伴有呕吐、嗜睡、昏睡、昏迷，甚至会有抽搐发作。这时需要及时行腰椎穿刺术明确诊断，如果孩子确实存在有脑炎的情况，需要积极地给予针对性治疗。当孩子炎症情况得到控制后，孩子发烧头疼的症状也会逐渐减轻；

3、颅内压增高：有部分孩子在发热的时候会伴有一过性的颅内压增高，这时孩子也会出现头疼的情况。这种情况下，通常与炎症感染引起的中毒性脑病有一定关系。这时积极地控制炎症、对症治疗、降低颅内压，当孩子炎症得到控制，颅内压力下降之后，孩子头疼的情况也会得到控制。