脑脓肿的MRI表现，主要为脑实质内大片的T1向上，成低信号表现；T2向上，成高信号的占位性病变。病变的中央位置有边界相对清晰的囊性病变，在增强扫描时可以观察到中央为坏死区，是一种低信号病变，没有明显的强化。周边囊肿壁呈薄厚一致的环状强化，在环状的强化的外围可以看到指状水肿。

由于脑脓肿常发生在大脑中动脉的供血区，所以这类病变多介于顶叶、额叶等部位。部分脑脓肿，比如耳源性脑脓肿，则常见于颞叶位置，有时还可以发生在小脑。因此脑脓肿在磁共振的表现具有明显的特征性，尤其是囊壁薄厚均一、有张力感的圆形囊肿。出现典型表现的脑脓肿，通常能够和脑肿瘤的囊壁强化进行较好的鉴别。